惠州二类和三类医疗器械经营备案办理流程的主要区别在于所需提交的材料和审核的严格程度。
对于二类医疗器械经营备案，需要提交的材料包括第二类医疗器械经营备案表、工商行政管理部门出具的《工商营业执照》复印件、企业法定代表人或者负责人、质量负责人的身份、学历、职称证明复印件、企业组织机构与部门设置说明、企业经营地址和库房地址的地理位置图及房屋产权证明文件或租赁协议复印件、企业经营设施和设备目录、企业经营质量管理制度、工作程序等文件目录、经办人授权证明以及其他证明材料。这些材料需要一式两份，完整、清晰，使用A4纸打印装订并附有目录，复印件加盖公章后与电子版一并提交。
而对于三类医疗器械经营备案，由于涉及到更高风险的产品，因此审核会更加严格，可能需要提供更多的材料，并且审核流程也可能会更加复杂。
至于医疗器械生产许可证的申请流程，一般包括以下步骤：
申请办理：申请人需要向药监部门提交申请资料，包括企业基本情况、产品情况、生产质量管理体系等相关材料。药监部门会查验申请资料是否符合基本要求，并决定是否受理申请。
资料审查：药监部门对受理的申请资料进行详细审查，包括资料的完整性、准确性、合规性等方面。如果资料存在问题，需要退回申请人进行修改。
现场审核：药监部门会指派审核员到企业生产现场进行审核，主要检查企业的生产设施、设备、工艺流程、质量管理体系等方面是否符合要求。
审核结论：根据资料审查和现场审核的结果，药监部门会给出审核结论，包括是否符合生产许可条件、是否需要进行整改等。
许可证颁发：如果企业符合生产许可条件，药监部门会颁发医疗器械生产许可证。企业需要按照许可证的要求进行生产，并定期接受药监部门的监督检查。