惠州的二类和三类医疗器械经营备案办理流程存在一定的差异，主要表现在以下方面：
申请材料：申请二类医疗器械经营备案，需要提交的申请材料相对较少，主要包括《第二类医疗器械经营备案表》、营业执照复印件、经营场所和库房的地理位置图、经营场所和库房的布局平面图、企业法定代表人或负责人的身份证复印件等。而申请三类医疗器械经营许可，需要提交的申请材料较为复杂，包括申请表、公司营业执照复印件、组织机构代码证复印件、法定代表人或负责人身份证明、质量管理人的相关资格证明、产品注册证书或备案证书的复印件等。
办理流程：二类医疗器械经营备案的办理流程相对简单，审批部门会在收到申请后进行资料审核，审核通过即给予备案凭证。而三类医疗器械经营许可的办理流程较为复杂，需要经过现场验收、产品检验等多个环节，审批部门会在审核通过后颁发许可证。
关于马来西亚MDA注册的好处，主要有以下几点：
合法市场销售：医疗器械必须经过MDA注册才能在马来西亚市场上销售和使用。通过注册，医疗器械可以获得合法销售的资格。
符合法规和标准：MDA注册要求医疗器械符合国家的法规和质量标准，通过注册的医疗器械被认可为符合马来西亚的法规和医疗器械标准。这有助于确保产品的合规性和质量可靠性。
市场准入：只有通过MDA注册的医疗器械才有资格在马来西亚市场上销售，这为产品提供了市场准入的渠道。
建立信任：通过MDA注册，医疗器械被认为是一种高质量、安全可靠的产品，有助于建立与医疗专业人员、医疗机构和患者的信任。这有助于提高产品在市场上的竞争力。
公共健康和安全：通过MDA注册，医疗器械在市场上的使用和销售将受到监督，确保产品的安全性和有效性，从而保障公众的健康和安全。